O monitoramento ambiental é uma importante ferramenta para a administração dos recursos naturais. Este oferece conhecimento e informações básicas para avaliar a presença de contaminantes, para compreender os sistemas ambientais e para dar suporte as políticas ambientais.

O monitoramento consiste em observações repetidas de uma substância química químico ou mudança biológica, com um propósito definido de acordo com um planejamento prévio ao longo do tempo e espaço, utilizando métodos comparáveis e padronizados. Segundo van der Oost e colaboradores (2003), os cinco métodos de monitoramento ambiental que devem ser seguidos para avaliar o risco de contaminantes para os organismos e classificar a qualidade ambiental dos ecossistemas são:

- monitoramento químico –

avalia a exposição medindo os níveis de contaminantes bem conhecidos nos compartimentos ambientais;

- monitoramento da bioacumulação –

avalia a exposição medindo os níveis de contaminantes na biota ou determinando a dose crítica no local de interesse (bioacumulação);

- monitoramento do efeito biológico –

avalia a exposição e o efeito determinando as primeiras alterações adversas que são parcial ou totalmente reversíveis (biomarcadores);

- monitoramento da saúde –

avalia o efeito através do exame da ocorrência de doenças irreversíveis ou danos no tecido dos organismos;

- monitoramento dos ecossistemas –

avalia a integridade de um ecossistema através de um inventário de composição, densidade e diversidade das espécies, entre outros.